Die Hauptorgel wurde 1989 von der Firma Orgelbau Romanus Seifert & Sohn aus Kevelaer erbaut. Das Schleifladen-Instrument hat 43 Register auf drei Manualen und Pedal. Die Trakturen sind mechanisch. Weiterhin sind ein Zimbelstern, ein Glockenspiel sowie ein Nebelhorn vorhanden, bei dem zum Klang zweier Basspfeifen ein Schiffsmodell aus der Orgel herausfährt. Die Disposition der Seifert-Orgel wurde 1994 im Rahmen einer Generalreinigung an einigen Stellen verändert.

Ein Truhenorgel der Firma Klais befindet sich in der Krypta,

sie wurde 1978 gebaut und verfügt über 4 ½ Register

Die Orgel wurde 1973 von der Orgebaufirma Seifert erbaut.

Ihr Standort war vorne, hinter dem Altar. 1997 wurde sie auf der Westempore aufgestellt, dabei erhielt die Orgel drei neue Register (u.a. 32´- Zunge und Hochdruck-Tuba) sowie eine elektronische Setzerkombination.

Die Orgel wurde 1996 von der Firma Schuke, Berlin, gebaut.

Sie verfügt über 25 Register. Die Orgelsachberatung übernahm Prof. Ludwig Doerr aus Freiburg, die Propektgestaltung erfolgte in Zusammenarbeit mit Dieter Baumewerd, dem Architekten der Kirche.

Die Orgel wurde in mehreren Bauabschnitten gebaut, zuletzt wurde in den 1990-er Jahren ein Rückpositiv hinzugefügt.

Es erklingen 26 Register.

Die Orgel der Johanneskirche wurde 1997 von der Orgelbaufirma Stockmann aus Werl gebaut und verfügt über 15 Register. Der Prospekt (die Schauseite) des Mittelteis entstammt einer Barockorgel, der Rest des Gehäuses wurde diesem Stil nachempfunden.